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SpCas9来源于S. pyogenes菌株,是依赖于crRNA和tracrRNA(或连接后形成的sgRNA)引导的DNA内切核酸酶,在靶标双链DNA存在PAM(NGG)的情况下,特异地剪切靶标双链DNA,使DNA双链断裂并生成平末端。PAM对于Cas9的识别和剪切都是必需的,其剪切位点位于目标序列(target sequence)内,离PAM区3个碱基。此外,在PAMmer序列存在时,SpCas9也能特异地剪切单链DNA或RNA(详细信息请参考PMID: 24476820;PMID: 25274302)。此酶还可应用于体外靶标DNA的剪切、目的片段的克隆等实验(详细信息可参考PMID: 26323354) 。